赤屿天后宫的地理坐标是东经120度14分48"，北纬27度3分2"，海拔高度21米，座东向西。天后宫单独落坐于峡门畲族乡赤屿村的半山腰间。它背山面海，东面是鱼虾养殖场，西面是斗门头村，北面是南屿尾，南面是坪岗村。

赤屿村隶属于青湾行政村，位于硖门畲族乡的东北方向，距离乡3政府约5公里。青湾村与东南沿海著名的嵛山岛隔海相望，是近年从斗门头行政村分出新成立的行政村。该村海湾里有大片的滩涂，是个养殖紫菜的好地方。赤屿村郑、汤、周氏为大姓，人口总数约150人，以养殖紫菜为主业。

赤屿天后宫始建年代无考，原宫为砖木结构，宫庙不大。尤其是在文革时，天后宫被严重毁坏。那时村民将妈祖神像藏匿在家中的谷仓里，一直保留至今。这尊神像，据说是是南埕村林氏先祖在嘉庆年间(1796年——1820年)从湄洲分灵请回来的。

1996年，村里以郑庭福、李永瑞、陈克见、郑大演等为首事，组织捐资在原址上改扩建天后宫。建成后的天后宫，宫门为重檐式歇山顶结构门额正中间挂有黑底金字“天后宫”横匾。天后宫宽12米、深20米，建筑面积240平方米。正殿为歇山顶式结构，砖混建筑材料。建筑依此为戏台、天井、大殿、神台。

神龛一共供奉着三尊妈祖神像，中间为南埕村林氏先祖在嘉庆年间传下来的木刻软身妈祖神像，神像高约80公分。左边为斗门头村村民早期请当地人制作的妈祖神像；右边为赤屿村村民也是早期请当地人制作的妈祖神像。他们在同一个宫庙里，由各自的供养人供养着自己的神明，“一宫三妈祖”是别具一格的现象。

在三尊妈祖神像的两边，左边是泥塑坐姿的福德正神；右边是泥塑坐姿的巡捕将军。此外，在神龛左侧的神台依次布局着泥塑站姿的千里眼、和风、巡海将军、府司；神龛右侧的神台依次布局着泥塑站姿的顺风耳、哈浪、夜叉将军、判官。大殿的上方为简单的八角藻井，其间是太极彩图。