巽城海尾妈祖宫的地理坐标是东经120度17分49"，北纬27度13分25"海拔高度5米，座东向西。天后宫坐落于店下镇巽城行政村海尾妈祖屿上，与中国最北红树林相邻，近在咫尺。

海尾村的历史，可追溯到清康熙五十一年壬辰年(1712年)。海尾何氏肇基祖启龙公携父瑞香公移居福鼎流美、奥前等地，历经数次迁徙，最终择巽城海尾村落居。启龙公因地制宜务农为本、兼舟营运开渡设埠、耕稼陶渔开枝散叶，至今已有三百多年的历史。

妈祖宫始建于清道光十五年(1835)。原本无名的“妈祖屿”因有妈祖庙而命名。清光绪廿六年（1900年)因简易的神龛破损严重而重建。1966年因台风损坏、墙体坍塌，在首事郑承萼、张周妹、何家细、何家赞、何发海、何发进、何宝源、吴其水、许娇弟等努力协助下重修妈祖宫。1996年因宫庙历时长久、濒临坍塌之危，妈祖宫虽宫小而神灵，每逢圣诞吉期朝圣者倍增、地狭拥挤，首事郑承萼、张周妹、吴其水、许娇弟、何发清等提议扩大，深得群众支持，闻讯者纷纷解囊相助、实现了拓宽众望。

2011年因妈祖灵验、信众比往年数十倍增。原本拓宽建筑面积显然过小、不适实用，尤其妈祖诞辰吉期，进香祈福者甚多，人群拥挤转身不易、移步亦难，妈祖宫旧址拓建加宽、势在必行。首事张全令、何发雄、王兰妹、何发宝、何发忠、何孔标、林宗如、林宗富、王世平、许小春、许娇弟、吴其水、郑志彬、吴邦辉、钱小龙、谢德芳等专为此事牵挂操劳、深得乐捐者同情与支持，虔诚之心、上天有感、神明在佑，俾得集资筹建等项工作顺利推进再次扩建宫庙全面竣工。

现在的妈祖宫为歇山顶琉璃瓦砖混仿古结构，占地面积一千多平方米，建筑面积180多平方米。。宫门楣写有扇型“妈祖宫”宫名，左生右墙绘有“千里眼”、顺风耳”彩像。神厅上“一”排开的神龛被分为三部分，中间龛位一为泥塑坐姿妈祖，一为软身出巡木刻妈祖。

一百多年来，妈祖灵显、恩泽乡里。巽城海尾人在尊崇、信仰妈祖过程中，遗留和传承下来许多妈祖显灵的事迹，成为村里长辈们茶余饭后口口相传的精神财富